Течна хроматографија високих перформанси (ХПЛЦ)

Иако је дводимензионална гел електрофореза (2-ДЕ) уобичајена метода за анализу целокупног протеома, она има ограничења као што су ограничена способност раздвајања, дискриминаторски ефекат и сложени оперативни поступци. Често је тешко добити задовољавајуће резултате за анализу великог динамичког опсега, мале заступљености и хидрофобних протеина. Цхонг и сар. користила ХПЛЦ / масену спектрометрију за упоређивање и анализу диференцијалне експресије пред-малигних и протеина карцинома. Протеин је одвојен ХПЛЦ-ом, а прикупљене фракције су идентификоване МАЛДИ-ТОФ-МС, тако да је протеин квантитативно анализиран у диференцијалној експресији две врсте ћелија. Као нова врста технологије раздвајања, вишедимензионална течна хроматографија нема ограничење релативне молекулске масе и изоелектричне тачке. Комбинацијом различитих начина уклања елиминаторски ефекат дводимензионалне гел електрофорезе. Има карактеристике високог вршног капацитета и једноставне аутоматизације. Дводимензионална хроматографија са измењеном јонском измењеном фазом (2Д-ИЕЦ-РПЛЦ) је најчешће коришћени вишедимензионални систем одвајања течне хроматографије у истраживању протеомије.