Флуоресцентни микроскоп и обични микроскоп имају следеће разлике
1. Начин осветљења је обично осветљење, односно извор светлости се пројектује на узорак кроз сочиво објектива;
2. Извор светлости је ултраљубичасто светло, таласна дужина је краћа, а резолуција већа од оне код обичних микроскопа;
3. Постоје два посебна филтера. Она испред извора светлости служи за филтрирање видљиве светлости, а она између окулара и сочива објектива користи се за филтрирање ултраљубичастих зрака ради заштите људских очију.