Они који се противе генетски модификованој храни укључују широк спектар интересних група, од Греенпеаце-а до фармера ГГ # 39; удруживања за хришћанске цркве итд. Њихова опозиција концентрисана је у три области:
Прво, генетска модификација је против природе и стога штетна. Присталице су узвратиле да данас усеви ГГ # 39 више нису примитивне сорте, иначе би поврће које људи једу требало да буде исто што и трава коју једу животиње.
Друго, након што се у биљке уводе гени који имају отпорност на хербициде или токсичне функције за уништавање штеточина, да ли је храна коју они обезбеђују безбедна за људе? Као одговор на ово, присталице су нагласиле да до сада ниједна квалификована истраживачка институција није пронашла доказе да генетски модификована храна штети људском здрављу, али да се о њиховом дугорочном утицају може само закључити и да је тешко добити свеобухватне доказе који ће људе уверити.
Треће, да ли је могуће да промоција генетски модификованих биљака пребрзо утиче на пољопривреду и еколошку средину? Промоција генетски модификованих усева отпорних на хербициде може подстаћи пољопривреднике да прекомерно користе хербициде, на тај начин наносећи штету или чак изумирање неким не-главним усевима. Многи пољопривредници у земљама у развоју користе такве не-главне усеве као додатну храну или као сточну храну. Америчка управа за рибарство и дивље животиње открила је да су 74 биљне врсте угрожене дејством хербицида.