Од 2013. године не постоји јасна класификација генетски модификоване хране, а различите класификације могу се извршити према различитим стандардима у складу са праксом.
Према томе да ли генетски модификована храна садржи генетски модификовани извор као стандард, може се поделити у следеће три различите врсте:
(1) Генетски модификована храна која не садржи генетски модификовану храну односи се на храну која потиче од генетски модификованих организама, али сами производи не садрже пренесене гене.
(2) Генетски модификована храна садржи генетски модификоване састојке, али су њихове карактеристике промењене током прераде, а пренети активни гени више не постоје у генетски модификованој храни.
(3) Генетски модификована храна садржи активне генетске компоненте. Након што људи поједу такве генетски модификоване организме или храну, пренесени гени и урођени гени организама утицаће на људско тело.