Они који се противе генетски модификованој храни укључују широк спектар интересних група, од Греенпеаце-а до фармера ГГ # 39; удруживања за хришћанске цркве итд. Њихова опозиција концентрисана је у три области:
Прво, генетска модификација је против природе и стога штетна. Присталице узвраћају да данас усеви ГГ # 39 више нису примитивне сорте, иначе би поврће које људи једу требало да буде исто што и трава коју једу животиње.
Друго, након уношења у биљке гена отпорних на хербициде или токсичних функција уништавања штеточина, да ли је храна коју они пружају безбедна за људе? Као одговор на ову тачку, присталице су нагласиле да до сада ниједна квалификована истраживачка институција није пронашла доказе да генетски модификована храна штети здрављу људи, већ се може само закључити о њиховом дугорочном утицају, а тешко је добити свеобухватне доказе који ће људе уверити .
Треће, да ли је могуће да промоција генетски модификованих биљака пребрзо утиче на пољопривреду и еколошку средину? Промоција генетски модификованих усева отпорних на хербициде може подстаћи пољопривреднике да прекомерно употребљавају хербициде, узрокујући оштећење или чак изумирање неких не-главних усева. Многи пољопривредници у земљама у развоју користе такве не-главне усеве као додатну храну или као сточну храну. Америчка управа за рибарство и дивље животиње открила је да су 74 биљне врсте погођене хербицидима и да су угрожене.