Постоје два главна аспекта, један је структурна протеомија, а други функционална протеомика. Границе њеног истраживања грубо су подељене у три области:
① Успоставити протеом или субпротеом и његову везујућу групу протеома за организме или ћелије ткива повезане са базом података о геному или транскриптому, односно конститутивном протеомиком.
Изводити локалну протеомику или упоредну протеомику важних физиолошких и патолошких система или процеса за важне животне процесе или главне људске болести.
③ Проучавање интеракције између протеина кроз низ напредних технологија и мапирање протеина одређеног система, односно интерактивне протеомије, такође познате као ГГ „атлас ћелија ГГ“; протеомика.
Поред тога, продубљивањем истраживања протеомике појавили су се и неки нови правци истраживања, попут субћелијске и квантитативне протеомике. Протеомика је важан метод истраживања системске биологије.