Дводимензионална технологија електрофорезе у гелу и технологија масене спектрометрије тренутно су најчешће коришћене методе за проучавање протеомике. Дводимензионална технологија електрофорезе у гелу користи изоелектричну тачку и разлику у молекулској тежини за разликовање различитих протеина. Иако је тешко разликовати протеине са малим обиљем помоћу дводимензионалне електрофорезе у гелу, он има веће захтеве за рад, али велика пропусност, добра резолуција и поновљивост и карактеристике комбиновања са масеном спектрометријом чине га најпопуларнијим и најпоузданијим Методе истраживања протеомике. Дводимензионална технологија електрофорезе у гелу и поступци истраживања протеомике засновани на масеној спектрометрији су припрема узорка → изоелектрично фокусирање → електрофореза у полиакриламидном гелу → бојење гела → ископавање тачака од интереса → варење у гелу → анализа масене спектрометрије за одређивање пептида Отисак прста или делимични амино секвенца киселине → помоћу базе података одредити протеин. Истраживање протеомике захтева раздвајање протеина високе резолуције и тачне и осетљиве технике идентификације масене спектрометрије. Бојење протеина у гел-електрофорези не утиче само на резолуцију раздвајања протеина, већ утиче и на накнадну идентификацију масене спектрометрије. Бојење протеина можемо поделити у четири категорије: бојење органским реагенсом, бојење сребром, флуоресцентно бојење и изотопско бојење.
Унлу и сар. је предложио метод дводимензионалне електрофорезе са флуоресцентним диференцијалним приказом (Ф-2Д-ДИГЕ) методом квантитативне анализе протеомије. Диференцијална гел електрофореза (ДИГЕ) је техничко побољшање 2-ДЕ. Комбинује метод вишеструке флуоресцентне анализе. Раздваја више узорака обележених различитим флуоресценцијама на истом гелу и уводи унутрашњи основни концепт. Протеини у два узорка се мешају са различитим флуоресцентним ознакама да би се извршило 2-ДЕ за откривање експресије протеина у два узорка, што у великој мери побољшава тачност, поузданост и поновљивост резултата. У ДИГЕ технологији, свака протеинска тачка има свој интерни стандард, а софтвер може аутоматски калибрисати свој израз према унутрашњем стандарду сваке протеинске тачке како би се осигурало да су откривене промене у обиљу протеина тачне. ДИГЕ технологија је примењена у разним узорцима.