Генерално живе у подручјима са бујним воденим биљкама и трском у близини река, језера и мочвара, а неки од њих живе на надморској висини од 2400 метара.
Нилски коњи су полуводни сисари који обично живе у плитким језерима, рекама и мочварама. Вода мора бити довољно дубока да би нилски коњ могао потопити цело тело у воду. Генерално је најбоље користити воду дубоку око 2 метра. Током дана, нилски коњи више воле да спавају у плиткој води, или повремено спавају на густом блату. У тим водама долази до парења и порођаја. Када нема плитке воде, нилски коњ је у дубљој води и може да дише само остављајући ноздрве изнад површине. Нилски коњ је у сумрак изашао из воде, изашао на обалу по храну, а затим је познатом стазом, обично мањом од 1,6 километара, кренуо дуж водене обале до густог пашњака.