Протеомицс се фокусира на динамички опис регулације гена, квантитативно одређивање нивоа протеина у експресији гена, идентификацију ефеката болести и лекова на животне процесе и објашњење механизма регулације експресије гена. Као наука, истраживање протеомике није од нуле У почетку је продужење профила протеина (пептида) и технологије мапирања генских производа која се користи више од 20 година. Мапирање пептида ослања се на дводимензионалну гелску електрофорезу (2-ДЕ) и даљу анализу слике; и ген Профил производа зависи од различитих анализа након раздвајања, попут масене спектрометрије, анализе састава аминокиселина итд.
Због постојања променљивог уређивања и уређивања РНК, многи гени могу да изразе низ различитих протеина. Стога је сложеност протеома много већа од сложености генома.
Ако је дешифрован читав низ генома неке врсте, то не значи да је дешифрован и протеом те врсте. Конкретну анализу протеинског производа гена треба одредити свеобухватном модификацијом и регулацијом нивоа генома, нивоа транскрипције и нивоа транслације.